В развитии буддизма в России огромную роль сыграл выдающийся буддийский учёный, лама и общественный деятель Агван Доржиев. Получив блестящее буддийское образование в Тибете и Монголии, он стал одним из учителей Далай-ламы XIII, что позволило Дорджиеву впоследствии стать крупнейшей фигурой в тибетском теократическом правительстве.
  Агван Лобсан Доржиев (1853-1938) родился в какомто из сёл Заиграевского района Бурятии (Ацагат или Хара-Шибирь). Окончив богословское отделение в знаменитом тибетском монастыре Дрепунг (один из трёх главных монастырей Лхасы), он получил высшую философскую учёную степень хларампа. В числе семи высших учёных лам состоял при Далай-Ламе XIII, обучал его буддийской философии и литературе.
В 1898 Агван Дорджиев был командирован в Китай, Россию и Францию для ознакомления с государственным устройством и жизнью. По возвращении в Тибет был возведён в третий высший чин старшего кхенпо с правом голоса во всех вопросах политики и веры.
Вcтретившись с императором Николаем II, Агван Доржиев получил высочайшее согласие на строительство буддийского храма в Петербурге.
Доржиев был инициатором сближения Тибета и России. Он постоянно разъезжал между этими странами, Монголией и Китаем с дипломатическими поручениями, побывал в Индии, на Цейлоне, в Японии, Германии, Италии, Великобритании.
Во французском Музее восточных культур Гиме он провёл первое во Франции буддийское богослужение. На нём присутствовал Иннокентий Анненский, впоследствии написавший об этом стихи, которые вошли в "Кипарисовый ларец". А его гидом по Парижу был другой русский поэт – Максимилиан Волошин.
Будучи фактически первым министром двора Далай-ламы XIII, Доржиев всюду его сопровождал, служил молебны, заведовал финансами страны. Помимо этого он основал несколько дацанов и школ в Калмыкии и Бурятии, открыл издательство в Петербурге и типографию в Ацагате.
В Бурятии известен как реформатор монгольского вертикального письма, приспособленного к бурятскому языку, составитель бурятского письма вагинтара (вагиндрагиин үсег), точно передававшего транскрипцию русских слов; было в ходу с 1905 по 1910 годы.
Строительство храма в российской столице началось в 1909 году в Старой деревне, за Чёрной Речкой. Работами руководил строительный комитет, в который входили академики В.В. Радлов и С.Ф. Ольденбург, князь Э.Э. Ухтомский, приват-доценты В.Л. Котвич, А.Д. Руднев, Ф. И. Щербатской, врач-тибетолог П. Бадмаев, путешественники П. Козлов и Д. Клеменц, калмыцкие князья Дугаровы, Тумэны и Тундутовы, архитектор Г.В. Барановский, инженер Н.М. Березовский, художники Н.К. Рерих и В.П. Шнейдер.
Буддийская архитектура Забайкалья была подвержена влиянию монгольской и китайской традиций. Санкт-Петербургский храм строился в полном соответствии с тибетским архитектурным каноном. В 1913 году в храме прошла первая служба, посвящённая 300-летию династии Романовых. Церемония освящения храма состоялась в 1915 году, на ней присутствовали представители правительств Николаям II, Далай-ламы XIII, сиамского короля Рамы IV и монгольского Богдохана.
После революции Агван Доржиев полностью отдаёт себя политической и религиозно-реформаторской деятельности в Советской России.
 В 1919 году храм подвергся разграблению красноармейцами: пропали сотни бронзовых и позолоченных бурханов, серебряные жертвенные чаши, вазы, мебель, дверные ручки, шпингалеты, драпировка из китайской парчи, личные вещи лам, разбита статуя Будды, сожжены уникальная библиотека тибетских манускриптов и огромный архив Агвана Доржиева, посвящённый взаимоотношениям России, Тибета, Англии и Китая, собиравшийся на протяжении 30 лет. Доржиеву удалось реставрировать храм, не смотря на царившую в стране разруху. Как и до революции, он находился в постоянном диалоге с властью. Теперь его собеседниками были не Николай II и министр Извольский, а Ленин с Луначарским. Но речь шла всё о том же: о свободе вероисповедания, культурном строительстве и их необходимости для процветания государства и его граждан. В 1929 году деятельность буддийской церкви Забайкалья была запрещена новым антирелигиозным законом.
В 1935 году преследования буддийского духовенства начались и в Ленинграде. В 1937 году в результате арестов и расстрелов буддийская община при храме перестала существовать. В ноябре 1937 года 85-летний Агван Доржиев был арестован в Бурятии. Он скончался в 1938 году в тюремной больнице города Улан-Удэ, его место захоронения осталось неизвестным. В этом же году Буддийский храм в Санкт-Петербурге был закрыт, и его здания стали занимать различные учреждения: физкультурная база, радиостанция (именно отсюда шло вещание на осаждённый Ленинград, когда была разрушена станция в Колпине), лаборатории Зоологического института.